因應武漢肺炎來勢洶洶，海關即刻啟動「防疫物品快速通關單一窗口」機制。財政部關務署表示，疫情所需之防疫物資與醫療器材進口通關時，各關將立即辦理並協調相關簽審單位，提供最快速便利的貨物通關服務，並答詢各項通關疑義。
進口供防疫之物資與醫療藥品及器材、環境清理消毒所用機具及藥劑等物品，因時間急迫未及時依程序向衛生福利部申請免稅核准文件時，得按「救濟物資進口免稅辦法」規定，向進口地海關具結係供防疫之用，並於貨物放行之翌日起2個月內補辦申請手續，以免徵進口稅費。
各關防疫物品快速通關單一窗口聯絡資訊如下：
臺北關(業務ㄧ組) 方麗雲股長 電話：03-3834265分機226
基隆關(業務ㄧ組) 陳碧琯稽核 電話：02-24202951分機2102
臺中關(業務一組) 洪慧玲股長 電話：04-26565101 分機 230
高雄關(業務一組) 李甲彬課長 電話：07-5628261